El conflicto en la localidad surgió en año 2017 cuando el concejal Lisandro Licari anunció que estaba trabajando en una ordenanza que regularía el uso de productos químicos (productos fitosanitarios o agroquímicos) en los campos de la localidad. El proyecto regulaba las distancias mínimas para la fumigación en relación a la planta urbana, controles regulares de residuos y la limpieza de las máquinas utilizadas en el campo.

El concejal afirmó que el proyecto no iba a ir en contra de la producción, pero que la regulación de las fumigaciones era  unos de los tres desafíos ambientales de Cosquín ya que afecta la salud de la población, sumado a que se trata de una zona turística. La ordenanza finalmente fue rechazada por el concejo ese mismo año.

En los meses agosto y noviembre 2017 vecinos y vecinas denunciaron numerosas fumigaciones en las cercanías del barrio “El Condado” realizadas por “mosquitos”(máquinas fumigadoras). Dicho barrio colinda con un campo sojero y con una escuela.

A partir de esos hechos, a inicios del año 2018, el grupo de vecinos y vecinas autoconvocados/as denominado “Barrios Fumigados Cosquín”, juntos con otros grupos vecinales, organizaron el Primer Encuentro de Pueblos Fumigados en Cosquín, el cual por varios motivos no pudo llevarse a cabo. Igualmente los vecinos y vecinas continuaron luchando y haciendo visible la problemática a través de otras vías de acción,entre otras,  petición mediante el sitio web “change.org” bajo el lema “Cosquín sin agrotóxicos”, realización de la feria “Barrios en Lucha por el Buen Vivir”, realización de murales y campañas de reparto de semillas orgánicas. También solicitaron estudios en la salud para detectar casos de cáncer, problemas dérmicos e intoxicaciones.

En septiembre del 2018 el concejal Raúl Cardinali comenzó a trabajar en una nueva ordenanza que pretendía prohibir la comercialización y el uso de la herbicida glifosato en todo el ejido de la Ciudad de Cosquín. La mencionada ordenanza N°3735 además establecía sanciones para las personas fisicas que incumplieran y sanciones para lxs directores y gerentes si se trataba de una persona jurídica.

En el año 2019 Cosquín es declarado “municipio verde” por el Instituto Argentino de Normalización y Certificación (IRAM).En abril, la ordenanza fue tratada y aprobada por el Concejo con 4 votos positivos contra 3 en contra, lo cual significó un gran logro para la localidad pero en el mes de mayo el recién electo intendente, Gabriel Musso, vetó la ordenanza, no logrando el concejo obtener la mayoría necesaria (2/3 de los miembros) para insistir en su promulgación, retrocediendo de tal modo en aquellas conquistas logradas en la lucha por la salud y el ambiente.