San Francisco cuenta desde el año 2006 con la Ordenanza N°5531 que establece una zona de exclusión de 500 metros para el uso de agroquímicos en los sectores periurbanos. Sin embargo, y a pesar de que la normativa se encuentra vigente, desde entonces se han detectado y denunciado diversos casos de pulverizaciones en campos aledaños a las viviendas.

En noviembre de 2012 convocados por la ONG La Voz Ciudadana se realizó un “Encuentro de pueblos fumigados”, como se les llama a las jornadas de debate que se suceden en la provincia para debatir modificaciones en las normas de aplicación de agroquímicos.

La primer denuncia fue realizada en 2008 por un grupo de vecinos de la ciudad, integrantes de La Voz Ciudadana, ante el juzgado de faltas, por incumplimiento de la normativa, al detectarse fumigaciones ilegales.

En 2013, la asociación civil Asociación para el Medio Ambiente y su Dinámica (AMAD) tomó conocimiento y denunció una fumigación que se llevaba a cabo a menos de 500 metros de viviendas. A  pesar de ello, luego, y según lo referido por testigos, la policía permitió que continúe la fumigación al considerar que esta zona se encontraba fuera del ejido urbano. Uno de los ambientalistas que forman parte de AMAD indicó que “el nuevo ejido urbano municipal ya ha sido aprobado y la zona mencionada (donde fumigaron) quedó encuadrada en la zona de protección ambiental según la ordenanza vigente”.

En junio de 2014, ante estas situaciones conflictivas, el concejal Damián Bernarte propone adecuar la legislación vigente referida al uso de agroquímicos en zonas próximas a las viviendas. Sostuvo que se trata de una situación que debe ser abordada con urgencia, y que debe volver a discutirse entre todos los sectores involucrados el contenido de la zona de resguardo ambiental.

En febrero de 2017, vecinos y vecinas de Plaza San Francisco denunciaron que se habían fumigado campos que están a menos de 500 metros de las viviendas, en manifiesta violación a la normativa vigente.

Preocupa además el acopio de envases de agroquímicos dentro del ejido urbano, en lugares donde pueden acceder niños o cualquier persona.

En efecto, durante el año 2018, la Radio FMR 90.7 denunció ante la Justicia Federal y la Municipalidad, el hallazgo de numerosos bidones con restos de glifosato en los canales pluviales del área norte de la ciudad, sin que se iniciasen investigaciones al respecto.